La salmonicultura en Chile se ha desarrollado vertiginosamente, desde la absoluta inexistencia en la década de los 70, al crecimiento exponencial y consolidación durante los 90 (Infante y Neira, 2002). En la actualidad, incrementar la eficiencia en la producción acuícola, es crucial para asegurar la competitividad de esta industria nacional en los mercados globalizados. El mejoramiento genético ha mostrado ser muy efectivo para estos fines. En el caso especifico de la producción de trucha arcoíris, la tendencia mundial esta dirigida hacia la obtención de un fenotipo, cuyo color de piel tenga menos manchas y mas plateado (Kause et al., 2002). Sin embargo, en un contexto recreacional, son preferibles las truchas que presentan un fenotipo con mayor manchado de la piel, similar a los peces silvestres. En concordancia con estos requerimientos, en esta memoria se caracterizo el manchado de la piel en trucha café (Salmo trutta) cultivada en Chile y se realizo un screening con 200 partidores RAPD para identificar marcadores moleculares asociados a los determinantes genéticos de la pigmentación manchada en esta especie. Los resultados obtenidos sobre variables de pigmentación en trucha café son las primeras estimaciones realizadas en el país para este tipo de rasgo y en esta especie de salmónido. El promedio de pigmentación calculado corresponde a 37 manchas, de las cuales 15 corresponden a pintas rojas y, 22 corresponden a pintas negras. Los análisis RAPD detectaron cuatro marcadores polimórficos significativamente asociados con el manchado de la piel en trucha café. Dos de estos marcadores mostraron asociación significativa con el aumento y disminución de la pigmentación (número de manchas) negra, UBC-131 (x2 =7,69, 1g.l, Prob. Fisher =0,007) y UBC-153 (x2 =4,98, 1g.l, Prob. Fisher =0,025), respectivamente. Los otros dos marcadores RAPD presentaron asociación con menor número de manchas rojas, UBC-153 (x2 =5,600, 1g.l, Prob. Fisher =0,20) y UBC-181 (x2 =4,00, 1g.l, Prob. Fisher =0,047). Estos cuatro marcadores cosegregaron con el numero de manchas negras o rojas en la población evaluada, y están disponibles para la construcción de marcadores de locus únicos y para ser utilizados en programas de mejoramiento genético para pigmentación de la piel