El manejo agronómico influye en la dinámica de la materia orgánica del suelo (MOS) y sus diferentes fracciones. En este estudio se determinaron fracciones activas de la MOS: fracción liviana libre (FLL), fracción liviana intraagregados (FLI), biomasa microbiana y C-CO2 mineralizado, en un suelo volcanico cultivado con distintas rotaciones, y posteriormente se evaluo su uso como indicadores biológicos del impacto del manejo agronómico en el suelo. El estudio se realizo en un experimento de campo de ocho años, con diferentes sistemas productivos (rotaciones) en un diseño de bloques completos al azar. La FLL fue determinada por fraccionamiento físico, usando NaI (1,8 g cm-3) y la FLI fue obtenida por sonicacion (1.500 J s-1). La biomasa microbiana se cuantifico a través de fumigación-incubación (FI), y la respiración basal del suelo (evolución de C-CO2) por incubacion durante 10 días. La rotación disminuyo (P < - 0,05) los contenidos de C y N de la FLL, de 1,69 g C-FLL kg-1 suelo (rotación con 5 años de alfalfa, Medicago sativa L.) a 0,49 g C-FLL kg-1 de suelo (rotación con cultivos anuales). Sin embargo, estos contenidos en la FLI no mostraron una tendencia clara y consistente (P < - 0,05). La biomasa C y N, disminuyeron (P < - 0,05) con la mayor intensidad de uso del suelo, de 551 a 264 mg C-CO2 g suelo-1, y de 106 a 35 ug N-(NO3 - + NH4 +) ug suelo-1, respectivamente. Los tres indices estudiados representaron indicadores apropiados para determinar cambios en la calidad de la MOS producto del manejo agronómico