El presente estudio tuvo como objetivo principal, determinar la presencia de Cryptosporidium sp. y Giardia sp. en muestras de heces de 120 terneros lactantes de lecherías de la zona de Ñuble. Todas las muestras fueron procesadas con ambas técnicas, los resultados obtenidos fueron comparados para Cryptosporidium sp. La técnica de Inmunofluorescencia Directa mostro un 30.8% de muestras positivas a Cryptosporidium sp. y un 40% a Giardia sp. Usando la tinción de Ziehl-Neelsen Modificada 27.5% de las muestras fueron positivas a Cryptosporidium sp. Se observo un número mayor de animales positivos en aquellas lecherías que alojan a sus terneros en corrales colectivos, a diferencia de las que los mantienen en cunas. La técnica de Inmunofluorescencia Directa resulto ser más efectiva en el diagnóstico de Cryptosporidium sp. que la tinción, presentando una sensibilidad del 100% y una especificidad del 95.4%. sensibilidad