La alfalfa puede ser un cultivo difícil de ensilar, debido a su bajo contenido de azúcar y una alta capacidad de buffering. Estos factores hacen a la alfalfa susceptible a la fermentación por clostridio, produciendo acido butírico y aminas, lo que lo produce problemas de palatabilidad. Se pueden solucionar estos problemas marchitando el cultivo a lo menos a 30% de materia seca y practicando buenas técnicas de ensilaje durante la cosecha y el almacenamiento, minimizaran los problemas de pérdida de azúcar. El otro problema es la degradación de la proteína al transformarse en nitrógeno no proteico soluble puede ser reducido con inoculantes