Esta investigación tuvo como objetivo determinar la presencia de hongos en semillas de Nothofagus alpina (rauli) y verificar su efecto en la germinación de semillas y emergencia de plántulas de esta especie. Los hongos fueron aislados desde semillas de N. alpina de tres procedencias; Las Palmas, Jauja y Curarrehue. Para los aislamientos se utilizaron semillas con y sin desinsectación superficial, que fueron plaqueadas en medios de cultivo o mantenidas en cámara húmeda. Adicionalmente, las semillas fueron caracterizadas en relacion a: pureza, peso de 1000 semillas, numero de semillas limpias por kilo, viabilidad, capacidad y energía germinativa. Semillas de N. alpina, procedencia Las Palmas, fueron tratadas con una suspensión micelial de los hongos seleccionados, y sembradas en arena estéril, y mantenidas en condición de invernadero durante 31 días. Los resultados de germinación y emergencia fueron analizados mediante ANOVA y la prueba de comparación de medias de Dunnett. Un total de veintiséis cepas de hongos fueron aislados desde las tres procedencias de N. alpina, de las cuales siete demostraron ser patógenos, correspondientes a las especies Penicillium dendriticum, Mucor racemosus, Sporothrix shenckii, Fusarium acuminatum, Fusarium sp., y una especie no identificada. Los hongos aislados fueron mas frecuentes infestando o infectando superficialmente las semillas. La menor viabilidad de las semillas en las procedencias Curarrehue y Jauja, se relaciono con una mayor frecuencia de los hongos patógenos encontrados