Los hongos entomopatogenos son una alternativa atractiva para el control biológico de insectos plagas. En Chile, el Instituto de Investigaciones Agropecuarias (INIA), Centro Regional de Investigación Quilamapu mantiene aproximadamente 400 aislamientos de Beauveria, colectados a través del país. Esta colección ha sido parcialmente clasificada en base a su morfología y a su eficacia como controlador biológico. Sin embargo, es necesario complementar estos estudios con una caracterización a nivel genético-molecular, para determinar el nivel de diversidad genética de Beauveria bassiana e identificar posibles patrones de bandas que permitan discriminar entre aislamientos. En este estudio, se analizaron 36 aislamientos de B. bassiana provenientes de diversas regiones geográficas del país. El análisis genético se realizo mediante el ADN Polimorfico Amplificado al Azar (RAPD) y la Reacción en Cadena de la Polimerasa-Fragmentos de Restricción Polimorficos (PCR-RFLP) de los espaciadores internos transcritos (ITS) de las secuencias ribosomales del ADN (ITSrDNA). El análisis de RAPD indico una alta diversidad genetica entre los aislamientos, con un promedio de 43% de similitud. Por otro lado, el análisis de los ITS determino una menor diversidad, con un 83% de similitud entre aislamientos. La región ITS 1 mostró un mayor numero de sitios de restricción que la región ITS 2. Los RAPD fueron mas eficientes para discriminar (o identificar) entre cepas debido al bajo numero de haplotipos detectados con los ITS. Para los dos marcadores utilizados en este estudio, la diversidad genética no estuvo asociada con el origen geográfico de los aislamientos