En el sur de Chile, agricultores mapuches han cultivado durante décadas ecotipos locales de ají (Capsicum annuum L.) Cacho de cabra para elaborar merken, producto con reconocidas ventajas en el mercado internacional. Esta hortaliza requiere etapa de almacigo, pudiendo beneficiarse nutricionalmente con la asociación simbiótica del tipo micorrizas, logrando una mejor adaptación al trasplante. Los hongos micorrícicos arbusculares son biotrofos obligados abundantes en agrosistemas con manejo conservacionista. El objetivo de este estudio fue comparar, en invernadero, el efecto de la inoculación de dos hongos, uno comercial, Glomus intraradices (IC), y otro nativo, Glomus claroideum (IN), con un testigo sin inoculación (-I) sobre la producción y calidad de ají Cacho de cabra. A los 45 días después de la siembra (DDS) se realizo el trasplante y a los 90 y 216 DAS se evaluaron parámetros de calidad del fruto, fúngicos y edáficos.